Deux espèces de thon confondues dans l’Atlantique : 38 000 marqueurs génétiques révèlent un mélange dans la gestion des pêches

Ce que l’on pêche depuis des siècles dans la Méditerranée sous le nom de bacoreta n’est pas un seul poisson. Une étude internationale impliquant l’Institut Espagnol d’Océanographie (IEO-CSIC) conclut à l’existence de deux espèces de bacoreta, pratiquement identiques à l’extérieur. L’une vit dans l’Atlantique nord et en Méditerranée, et l’autre dans les eaux tropicales africaines.

L’étude, publiée dans la revue Hydrobiologia, a analysé l’ADN de plus de 600 spécimens et près de 38 000 marqueurs génétiques. Et à qui cela importe-t-il, hors des biologistes ? À ceux qui gèrent la pêche, car les captures de ce petit thonidé se font dans des zones qui pourraient mélanger deux espèces.

Un nom datant de 1817

Jusqu’ici, toute la bacoreta figurait dans les ouvrages sous le nom Euthynnus alletteratus. Les chercheurs proposent de reprendre le nom Euthynnus quadripunctatus pour les poissons de l’Atlantique nord et de la Méditerranée. Il provient d’une description réalisée en 1817 et avait été utilisé un temps, avant d’être absorbé par l’autre.

Le nom habituel resterait attribué aux populations tropicales étudiées au Sénégal, en Côte d’Ivoire et au Gabon. En pratique, la bacoreta pêchée dans les eaux espagnoles aurait désormais un autre nom scientifique. Un petit changement sur le papier, mais avec une vraie portée.

Plus de 600 poissons analysés

L’étude a été menée sous la direction de l’UdG et de l’IEO-CSIC, avec le personnel des centres océaniques de Cadix et de Málaga. Des équipes du Portugal, des États‑Unis, du Vietnam, du Brésil, de Tunisie, du Sénégal, de Côte d’Ivoire et du Gabon ont également participé.

Pour parvenir à cette conclusion, l’équipe a croisé trois types de tests. ADN mitochondrial de plus de 600 exemplaires, une analyse génomique avec près de 38 000 marqueurs et 466 épines dorsales. Les épines servent à estimer l’âge du poisson, un calcul comparable au comptage des anneaux d’un tronc.

Toutes les méthodes utilisées pour séparer les espèces convergent vers la même conclusion. Les deux groupes constituent des lignées évolutives distinctes, aussi éloignées que d’autres espèces déjà reconnues du genre Euthynnus. Ce que les biologistes appellent des espèces cryptiques: extérieures similaires et intérieures différentes.

Celles du nord grandissent plus

La différence entre les deux bacoretas ne se limite pas à l’ADN. Les spécimens du nord grandissent plus rapidement et atteignent des tailles supérieures à âge équivalent. Les modèles de l’étude leur attribuent une taille maximale théorique d’environ 99 centimètres, contre environ 70 cm pour le groupe tropical.

D’autre part, la croissance dans le nord s’accélère durant les mois chauds, alors que dans les zones tropicales elle se maintient plutôt constante. Cela cadre avec leur reproduction. En Méditerranée, la reproduction se concentre entre la fin du printemps et l’été, et dans l’Atlantique tropical elle se répartit sur une bonne partie de l’année.

En clair, le poisson du nord privilégie une reproduction en saison et une croissance rapide. Le tropical avance plus lentement, mais se reproduit pendant davantage de mois.

Sicile sépare davantage que Gibraltar

À l’intérieur de chaque espèce, il existe plus de divisions que prévu. Chez celle du nord, les résultats indiquent au moins trois grandes populations. Une dans l’Atlantique occidental, une dans l’Atlantique oriental et le Méditerranée occidental, et une troisième dans le Méditerranée oriental.

L’étrange, c’est où se trouve la frontière. On pourrait penser au détroit de Gibraltar, mais les analyses indiquent comme grande barrière génétique le canal de Sicile. Cette mer a ses propres règles pour les thonidés, comme on l’a déjà vu en comptant pourquoi les Baléares sont clés pour le thon rouge.

Dans l’espèce tropicale, il existe aussi des différences entre le Sénégal, la Côte d’Ivoire et le Gabon. Mais elles sont bien moindres que l’écart qui sépare les deux lignées.

Sénégal, dans la case erronée

Et voici la partie pratique. Les captures de petits thonidés dans l’Atlantique sont consignées dans de grandes zones statistiques qui ne correspondent pas toujours aux populations réelles. Certaines, avertissent les auteurs, pourraient mélanger des individus de deux espèces.

L’exemple le plus clair est le Sénégal, inclus dans une des grandes zones de l’Atlantique nord. Or les bacoreta analysées là-bas proviennent de la lignée tropicale. C’est un peu comme additionner dans le même comptage deux poissons qui grandissent et se reproduisent différemment.

C’est pourquoi ils demandent de mieux connaître où vit chaque espèce avant de définir de nouvelles unités de gestion. Le travail est né du programme des petits thonidés de l’ICCAT, l’organisme qui fixe les règles pour protéger le thon de la surpêche. Ce programme et l’Union européenne en ont assuré le financement.

Un vide devant la Mauritanie

Reste une grosse zone d’ombre, car il n’existe pas d’échantillons du Maroc, du Sahara occidental ni de Mauritanie. Sans eux, on ignore où se situe exactement la frontière entre les deux lignées et s’ils se mélangent. Il faudra également des échantillons de l’Atlantique sud-ouest.

Pour autant, l’IEO souligne qu’il s’agit de l’un des premiers travaux associant la génomique de haute résolution et l’étude de la croissance pour examiner des espèces cryptiques chez les thonidés. Et rappelle qu’il peut exister une « biodiversité non reconnue » même chez des poissons exploités depuis des siècles. Découvrir quelque chose de nouveau dans la jungle, comme la très petite espèce de poisson orange décrite en Amazonie, est presque ce à quoi on s’attend, mais pour un poisson de poissonnerie, c’est bien plus surprenant.

L’étude complète peut être consultée en libre accès dans la revue Hydrobiologia, et la note officielle a été publiée par l’Institut Espagnol d’Océanographie.

Photo: Xavi Salvador Costa / Fishipedia