La bactérie responsable de la syphilis était déjà présente en Amérique il y a 5 500 ans

Dans la savane de Bogota (au sud de la capitale colombienne), dans un abri sous roche, ils ont retrouvé dans les années 1970 les restes d'un homme d'une quarantaine d'années. Il faisait partie d’un groupe de chasseurs-cueilleurs ne dépassant pas 20 personnes. La datation au radiocarbone indique qu'il vivait dans la région il y a cinq millénaires et demi. Parmi ses restes, conservés au Musée national de Colombie, un groupe de chercheurs a récemment obtenu l'autorisation de lui retirer une petite partie du tibia d'une de ses jambes. En le pulvérisant pour obtenir son matériel génétique, ils ont découvert que 0,0019 % n'était pas humain, mais appartenait à , une bactérie à l'origine de quatre maladies : la pinta, le béjel, le pian et la plus connue, la syphilis. La découverte permet de comprendre l’origine du mystérieux pathogène.

« Nous ne le cherchions pas, nous l'avons trouvé, c'était une découverte un peu fortuite », explique Miguel Delgado, anthropologue à l'Université nationale de La Plata (Argentine) et co-auteur de cette recherche, publiée dans . L'étude génétique de cet individu, appelée détaille l'ADN le plus ancien obtenu à ce jour. Cette découverte est d’autant plus pertinente que les tréponématoses, terme utilisé pour désigner les maladies causées par différentes sous-espèces de bactéries, laissent généralement des marques indélébiles sur les personnes touchées, notamment sur le crâne et les dents, mais aussi sur les os. Cependant, il n’y a aucune manifestation externe de l’infection.

En analysant son génome et en le comparant à celui de 106 autres échantillons de la bactérie, les chercheurs ont constaté qu'elle était apparentée à trois des sous-espèces connues, la , responsable de la syphilis, la , qui est à l'origine du béjel et la , qui provoque le pian. Ces deux dernières provoquent des lésions cutanées et sont très limitées géographiquement dans les zones tropicales. Le premier est le seul qui s’est répandu sur toute la planète, se transmettant sexuellement ou de la mère au nouveau-né. Malgré la relation, tout indique qu’il n’est pas un ancêtre, mais plutôt qu’il appartient à une lignée sœur.

« Ce que nous avons observé, c'est que cette lignée, que nous définissons comme une nouvelle sous-espèce, est très différente de toutes les autres », explique Davide Bozzi, chercheur à l'Université de Lausanne (Suisse) et premier auteur de la recherche. Grâce à des techniques comme l’horloge moléculaire, ils estiment que les deux lignées se sont séparées il y a environ 13 740 ans. « C'est l'un de nos principaux constats, celui d'une diversité jamais décrite auparavant », ajoute Bozzi. Déjà à la fin du Pléistocène, avec le retrait général des glaces et avec l’expansion humaine à travers l’Amérique, les bactéries du genre se séparaient déjà en différentes lignées sur le sol américain.

Il pourrait s’agir d’une ancienne lignée éteinte, « mais il pourrait aussi s’agir d’une lignée qui a survécu jusqu’à nos jours, mais dont nous n’avons pas encore séquencé l’ADN moderne », rappelle Bozzi. Il fait référence au fait qu'il pourrait s'agir de l'ancêtre d'une autre espèce bactérienne, la bactérie, responsable d'une quatrième tréponématose appelée pinta. Le problème, bienheureux problème, c’est que cette maladie, qui sévissait dans les communautés d’Amérique centrale, a été pratiquement éradiquée. En fait, il est considéré comme éteint et son génome n’a jamais été séquencé, on ne pourra donc pas le comparer avec celui d’il y a 5 500 ans.

À l’époque où ils chassaient le cerf et les cobayes pour se nourrir, l’urbanisation, l’agriculture et les autres innovations apportées par le Néolithique étaient encore à des millénaires avant d’apparaître en Amérique. Ceci et le mode de vie du groupe de chasseurs-cueilleurs auquel appartenait ce chasseur pourraient indiquer une origine zoonotique, mais les auteurs sont très prudents à ce sujet. Bien qu'il existe des bactéries du genre qui affectent des espèces telles que les lapins, l'animal à partir duquel elles pourraient passer à l'homme est inconnu, s'il l'a fait. Pour Delgado, le chercheur argentin, « c’est l’une des grandes questions pour les prochaines étapes : étudier également les réservoirs animaux ».

Ce que les chercheurs ont observé, c’est que cette bactérie était déjà aussi virulente que celles d’aujourd’hui. Ils ont recherché et trouvé 59 gènes qui semblent liés à la virulence dans les génomes actuels.

Le mystère de la syphilis continue

En 1494, Charles VIII, roi de France, rassembla une grande armée pour sa nouvelle campagne contre les territoires italiens. Ses victoires furent éclipsées par la propagation d'une étrange maladie dans les camps de son armée qui, une fois démobilisée l'année suivante, apporta la maladie dans leurs foyers. En cinq ans, la pandémie s’est répandue dans toute l’Europe, touchant des millions de personnes, au grand désarroi des médecins, qui n’avaient jamais constaté de symptômes similaires. C'était la grande pandémie de syphilis.

« Les tréponomes et la syphilis sont l'un des grands mystères de la médecine des maladies infectieuses », explique Fernando González, professeur de génétique à l'Université de Valence. « Il n'existe aucune trace de cette maladie, avec ces manifestations cliniques, jusqu'en 1494, et c'est un mystère », insiste le professeur. Pour González, le nouveau travail « ne soutient aucune des hypothèses sur l'origine de la syphilis car il décrit le génome d'une bactérie très ancienne qui provoque cette infection ». Ce que cela démontre, ajoute-t-il, c'est « la présence d'une bactérie en Amérique bien avant l'arrivée des Européens et qui, de par ses caractéristiques génétiques, semble pouvoir provoquer une infection de type tréponématose ». Cependant, conclut-il, « nous n’avons pas encore trouvé d’ancêtre direct de la lignée de la syphilis ».

Fin 2024, un autre groupe de chercheurs a publié des détails sur quatre échantillons de , pas si anciens, mais également antérieurs à l'arrivée des Européens en Amérique, l'un d'eux étant plus vieux qu'environ mille ans. De plus, ils provenaient d’individus vivant dans ce qui est aujourd’hui le Chili, l’Argentine et le Mexique. « Nous devons parler d'une grande diversité de tréponèmes en Amérique bien avant le contact », commente le chercheur de l'Institut Max Planck d'anthropologie évolutive et premier auteur de l'ouvrage de 2024, Rodrigo Barquera.

Entre l’hypothèse colombienne, qui postule que Colomb et ses hommes ont apporté la syphilis en Europe, et l’hypothèse précolombienne, qui circulait sur tout le territoire européen avant le contact, Barquera estime que « les hypothèses passées doivent être reconstruites ». Ce chercheur, qui n'a pas participé aux nouveaux travaux publiés dans , ajoute que, sachant que les tréponématoses existent en Amérique depuis des millénaires, « maintenant la question est de savoir si elles existaient auparavant en Afrique, en Europe et en Asie ». Mais il conclut : « Pour l'instant, tout indique une origine américaine et une dispersion mondiale au cours de la période coloniale, mais de nouveaux échantillons peuvent à tout moment modifier ce panorama ».

C'est une ligne similaire à celle proposée par les auteurs de la découverte de la bactérie il y a 5 500 ans. « Toutes les lignées que nous avons découvertes, modernes et anciennes, doivent s'être diversifiées au sein du continent américain. Cela n'exclut pas nécessairement la présence d'autres lignées de Treponema en Europe », explique Bozzi. Sa collègue et co-auteur de l'étude, la responsable du groupe de génomique évolutive de l'Université de Lausanne, Anna-Sapfo Malaspinas, conclut : « Qu'avons-nous aujourd'hui ? Trois maladies bien caractérisées : la syphilis est mondiale, les autres sont plus locales. diversité avec des lignées différentes remontant à plusieurs milliers d'années.